また冤罪に対する補償の低さも問題で（捜査、起訴の違法性を補償の要件としない）、刑事補償法においては拘束1日につき1000円～12500円（金額は補償請求を受理した裁判所の裁量により決定される）しか認められない。これは、仮に10年服役しても約365万円～4566万円しか補償されないということである。最高では年450万円超となるとはいえ、それは捜査機関の故意による冤罪、死刑囚拘置など、最悪の条件が重なった場合の話であり、その場合でも24時間拘束であることを考慮すれば、最低賃金を下回る『時給』であり、充分な補償とは到底言い難い。

当該犯罪とは無関係の者が有罪判決が確定した場合には、再審によって無罪が確定されるまで有罪として扱われるため（“推定有罪”）、本人や家族は経済的損害を受け、また犯罪者とその家族との差別や排斥を受けることがある（青地晨のルポによれば、名張毒ぶどう酒事件では被害者遺族が被告の自宅に押しかけ、夕食中の家族に土下座しての謝罪を要求したという。また被告一族の墓は地元の霊園にはない。『魔の時間』より）。

目に見える被害ではないが、犯罪事件で冤罪が判明した場合において、真犯人を追求しようとしても時間の風化によって真犯人を摘発できなかったり公訴時効が成立していたりすると、真犯人が不明なままだったり法の裁きを受けないままとなる問題も発生する（殺人事件の被害者遺族にしてみれば「Xさんは犯人ではなかった、では真犯人は一体誰なのか」とやり切れない思いが残る）。また、作家やジャーナリストや被疑者の弁護人によって、真犯人を推理がされることもある。