よく誤解されていることに、連合国側の圧力により日本は阿波丸事件の賠償請求権を強制的に放棄させられたと言われているが、事実はかなり異なっている。前述にもあるように終戦後マッカーサーが強硬に賠償を拒んだことが事態を複雑にしていた。一旦は非を認めたものの身内からの思わぬ反発に苦慮したアメリカ政府は、代案として当時アメリカが日本に対して行っていた有償食料援助の借款額を18億ドルから4億9千万ドルへ棒引きする代わりに、日本へ阿波丸の賠償請求権を放棄するよう求めた。アメリカ側の破格な提案に当時の日本政府もこれを了承し、昭和24年阿波丸への賠償請求権を放棄し日本政府がアメリカに代わって賠償を行う旨を国会で正式に決定した。結果的には十分とは言えないものの、当初日本側が考えていた以上にアメリカから阿波丸事件への賠償を引き出すことに成功している。

戦時中に行方が分からなくなった北京原人の頭蓋骨が積載されていたという説もあり、数年前には中華人民共和国政府が船体の引き揚げを計画しているとの報道がなされた。しかし、既に1979年に中国政府によって阿波丸のサルベージが行われており、回収された遺骨や遺品は日本側に引き渡されている。