攻撃までの経緯は不明な点が多いが、偵察情報で阿波丸への軍需物資積載を確認したアメリカ太平洋潜水艦隊司令官のロックウッド少将は、阿波丸を正当な攻撃目標として、ニミッツ大将に攻撃許可を要請したが、返答は無かった。ロックウッド少将はこれを黙認と受け取ったようであるが、阿波丸を攻撃した場合、捕虜に対しての報復を心配する意見もあった。実際には阿波丸への攻撃禁止命令はすぐに下されていたものの、潜水艦「クイーンフィッシュ」が根拠地サイパンを出る際その旨を記した命令書が一般書類に紛れて艦長の確認が遅れた上、阿波丸の位置情報を知らせる電報の伝達が遅れてしまい（いくつものセクションをまたがっての連絡であった上、暗号解析されることを嫌った米海軍が阿波丸の情報を得てから相当時間が経った後、平文であやふやな電報を送ったなどの原因が重なったため）、結果的に艦長は阿波丸に対する攻撃を敢行し撃沈してしまった。「クイーンフィッシュ」の艦長は、「不注意」ということで軍法会議で有罪判決（戒告処分）を受けている。