阿波丸には、往航時には既に、600tの武器弾薬、予備部品が積載されていた。また撃沈時にはシンガポールからスズ3,000t 生ゴム3,000t その他の貴金属、希少金属類等が積載されていた。また便乗者として官僚や大手民間会社の社員なども乗り込んでいた。なお、このような戦時禁制品や官僚の輸送は本来の許可内容から外れるものであり、このことは、アメリカ軍の写真偵察や通信の傍受によって確認されていた。船長は積み込みに反対したが、軍部に押し切られている。本来なら阿波丸は、空荷で帰路につかねばならず、日本の条約破りもまた明らかで、この時点で正当な攻撃対象となりえるという意見がアメリカ海軍内にあった。