撃沈直後より戦時国際法違反として日本は抗議、アメリカ側もこれを受け入れ責任を認めた上で、賠償問題については戦時であり直ちに交渉することは困難であるとし、終戦後に改めて交渉を行なうことを提案。戦後になり日本側から阿波丸の代船を提供することや6,150万ドルの賠償金を求める等の賠償請求が出され、アメリカも当初はそれに応じる筈だったが、当時のGHQ司令官ダグラス・マッカーサーが賠償を強く拒否したため交渉は暗礁に乗り上げた。