この事件で、船員1人を除く2,129名（2,004名との説もあり）が死亡した。その多くはシンガポールから内地への引き上げ者だった。なお、阿波丸は、アメリカ政府の「日本占領地のアメリカ人捕虜へ慰問品を送ってほしい」という要請に応じた緑十字船であり、これに基づき阿波丸は病院船扱いの安導権（＝Safe-Conduct）を与えられ、船体は白く塗られ、夜間は船体脇と煙突に緑十字の形を照らし出し、夜間の誤認による攻撃を防ぐようになっていた。この様に航海の安全が保障されていたにもかかわらず攻撃された理由は、日本側が戦時禁制品を積み込んだためとも、単なる誤認攻撃のためともされるが、明確にはわかっていない。