連邦裁判所には、一般的な司法裁判所である連邦地方・控訴・最高の各裁判所がある外、特別な事物管轄を有する裁判所として、連邦破産・租税・国際通商・巡回控訴・請求・軍事控訴の各裁判所がある。このうち、連邦破産・租税・請求裁判所を除く各連邦裁判所については、アメリカ合衆国憲法第3条の規定に服することから、その任命はアメリカ合衆国大統領によってなされ、任期は原則として終身とされており、連邦議会による弾劾の手続で認められなければ解職されない。連邦破産・租税・請求・軍事控訴の各裁判所については、アメリカ合衆国議会の立法権の行使により設立された裁判所として理解されており、その裁判官については、それぞれの立法により選出方法・任期が定められている。

連邦裁判所の頂点に立つ連邦最高裁判所の裁判官は、長である最高裁判所長官1名と陪席裁判官8名のあわせて9名を定員とする。連邦最高裁判所の判事となるために必要な資格は定められておらず、弁護士でなくても構わない。共和党の大統領に任命された判事が首席を含め7名、民主党の大統領に任命された判事が2名となっている。一般的な司法裁判所としての連邦下級裁判所は、12の連邦控訴裁判所（このほかに巡回控訴裁判所がある）と94の連邦地方裁判所があり、各下級裁判所の裁判官定員は連邦議会が制定した法律により規定されている。

連邦租税裁判所・連邦請求裁判所・軍事控訴裁判所の裁判官は、他の連邦裁判所同様、大統領が上院の助言と同意を受けて任命するが、任期は15年とされている。また、連邦破産裁判所の裁判官は、任期14年で各連邦控訴裁判所が任命する。