裁判官は、中立の立場で公正な裁判をするために、その良心に従い独立してその職権を行い、日本国憲法及び法律にのみ拘束される（日本国憲法第76条）とされる（裁判官の職権行使の独立）。

そして、裁判官の職権行使の独立を保障するために、裁判官は行政府の圧力から独立して裁判を行えるよう、強力な身分保障がされている。まず、免官される場合は、憲法上、以下の三つの場合に限られる。

心身の故障

分限裁判（憲法78条前段、裁判官分限法1条）により、心身の故障のために職務を執ることができないと決定された場合には、免官される。

公の弾劾

(1)職務上の義務に著しく違反し、又は職務を甚だしく怠ったとき、(2)その他職務の内外を問わず、裁判官としての威信を著しく失うべき非行があったときは、弾劾による罷免の対象となる（憲法78条前段、裁判官弾劾法2条）。

罷免の訴追を行うのは、国会の両議院の議員で組織された裁判官訴追委員会であり、訴追を受けた裁判官を裁判するのは、同じく両議院の議員で組織された弾劾裁判所である（憲法64条1項、国会法125条以下、裁判官弾劾法）。

最高裁判所裁判官国民審査

最高裁判所の裁判官については、任命後初めて行われる衆議院議員総選挙の際に国民審査を受け、その後10年ごとに国民審査を受ける（憲法79条2項）。

投票者の多数が罷免を可とした場合は、その裁判官は罷免される（同条3項、最高裁判所裁判官国民審査法）。

国民審査に際しては裁判官のプロフィールや過去の事件に対する判決などの職歴は公報で開示されているが、多くの国民にとってはなお判断材料が必ずしも十分とはいえないとの批判がある。これまでに罷免を可とされた最高裁判所裁判官は存在しないが、現状の白票が多い状態は国民審査が情報不足からの機能不全になっているからで、「白票は信任とみなす」という最高裁判例があるために実質的に自動的に信任させる仕組みになっている、との批判がある。

このほか、行政機関が裁判官を懲戒することはできないし（憲法78条後段）、裁判官の給与は在任中減額することができない（憲法80条2項）とされている。