イージスシステムが対空戦闘を担ったのと同様に、対潜戦闘を担うのがSQQ-89統合対潜システムである。ただし、イージスシステムが目標の探知から脅威度判定・攻撃指令、射撃指揮から実際の火力発揮までを包括していたのに対し、SQQ-89は意思決定機能を持たないことから、そのコンセプトは、むしろイージスシステムの前任者であるターターD・システムに近い。SQQ-89は、本級の原型艦であるスプルーアンス級駆逐艦においてはじめて実用化されたもので、本級でも引き続き搭載される。

本級が当初搭載していたAN/SQQ-89(V)1は、

• AN/SQS-53B船底装備ソナー
• AN/SQR-19曳航ソナー
• Mk 116 Mod 4対潜攻撃指揮装置
• AN/SQQ-28 LAMPS MK IIIソノブイ・データ・リンク装置

によって構成されていた。対潜情報処理は、依然として人力に頼る部分が大きいため、SQS-53およびSQR-19の情報は直接にMk 116対潜攻撃指揮装置に入力されており、LAMPSが投射したソノブイの情報のみが、SQQ-28によってAWSの戦術情報処理装置に入力された後、Mk 116に伝えられている。

Mk 116対潜攻撃指揮装置は、武器管制装置と射撃管制装置の役割を兼ねるものであり、これらの情報をもとに、 Mk 32三連装短魚雷発射管またはVLAによる攻撃を管制する。