日本では分裂問題が相次いでおり、2001年にはJITFから独立したJTAが創設。2004年にはJITFが3つ、WTFが2つに分裂した。

特にWTFの分裂において、2000年にシドニーオリンピックのテコンドー競技で銅メダルを獲得し、2004年2月にアテネオリンピック出場権を勝ち取っていた岡本依子のアテネオリンピック出場が危ぶまれ問題となったが、最終的には団体の分裂を無視した形で個人資格での参加を認めることとなった。

また、2005年にはWTFがさらに分裂し、ITF系、WTF系がそれぞれ3つ、JTAが1つ、計7つの団体が日本国内に存在することになった。この件についてはJOCもほぼ匙を投げている状態のようである。