航空会社の子会社は、ローカル線専門の子会社2社と国際線チャーターの運航を目的とした連結子会社を所有していた。日本航空に吸収合併された現在もローカル線専門の2社については当時の社名のまま現存しており、ハーレクインエアは人材派遣会社として名前だけ残している。

他にも整備や地上ハンドリング、グッズ販売企画などの子会社もあった。経営統合が進むなかで、旧日本エアシステムの総合職系社員の多くは子会社に移動させられ、持株会社や日本航空ジャパンには管理職以上はわずかとなったため、むしろ子会社に日本エアシステム色が継承されている。

航空会社

• 日本エアコミューター（JAC）
• 北海道エアシステム（HAC）
• ハーレクィンエア（HLQ）

整備・地上ハンドリング会社

• 日東航空整備（NTM）
• 東亜エアーサービス（TAS）
• 北海道エアーサービス（HAS）
• 仙台エアーサービス（SAS）
• 金沢エアシステム（KAS）
• グランドエアーサービス（GAS）

地上支援機材・車両整備

• 日本エアモーターサービス（JAMS）

航空機部品・設備の保管・払出・輸出入

• ジェイエイエスメンテナンスサポート（JMC）
• ジェイエイエスエアクラフト（JASA）

予約業務

• SAS
• KAS
• エアロコミュニケーションサービス（ACS）
• 大阪エーシーエス（OSAACS）
• 福岡エーシーエス（FUKACS）

商事業務・空港売店運営・保険代理業

• ジェイエイエストレーディング（JTR）
• ジェイエイエス商事（JSC/商事業務/平成12年4月より以下社名）
• ジャスナイスウイング（商事業務・パッケージツアーの主催）

旅行業

• ジェイエイエス商事（JSC）
• ジェイトラベル東京（JTT）
• ジェイトラベル北海道（JTH）
• ジェイトラベル大阪（JOO）
• ジェイトラベル名古屋（JTN）
• ジェイエイエスカストマーサービス（JCS）

その他

• ジェイエイエス旭川リゾート開発（JARD/ゴルフ場経営）
• JAS香港（JASHKG/香港地区総販売代理店/旧名JASH.K.日本佳速航空香港有限公司）