設立当初から東京急行電鉄が大株主として君臨しており、事実上の東急グループの1社だった。しかし1990年代に入り東急グループ自体が深刻な経営不振に陥り、一傘下企業の経営不振の解消にまで手が回らなかった。これが、同社が経営不振から立ち直れないまま日本航空への吸収合併へと至った原因のひとつとみられている。

他の大株主としては近畿日本鉄道、不二サッシ、三井物産、野村証券、富士火災海上保険、東京生命保険、東京海上火災や日本航空および国内主力行などだった。なお、東京急行電鉄は経営統合で日本航空の大株主の一員となり、現在も同じである。