東亜国内航空時代より、ブランドイメージと規模で優先していた競合2社との差別化に苦慮していた日本エアシステムは、この状況を打破するためにいくつかの独創的なサービスを導入しており、それらのサービスを目当てに日本エアシステムを選択するファンや旅行者・出張者も多かった。また、以下のようなサービスを日本で最初に導入している。

• ヘアヌードのある雑誌の搭載を取りやめ。
• 半額運賃の国内線割引運賃を設定。
• 女性優先トイレを設置。
• パソコン通信で国内線予約、空席・運航状況の情報提供を開始。
• 機体1機ごとにスペシャルマーキングを塗装。これは史上初だった。
• 本格的な広告マーキングを塗装。
• インターネットで機体デザインを募集。
• 国内線3クラスシートを導入。
• 日本で最初に全席個人用テレビ付き座席を実現。
• コンビニチケットレス予約サービスの設定。
• バースデー割引の制定。

飲み物

航空会社として唯一、飲料会社の大塚製薬と提携し、同社の主力製品であるジャワティやポカリスエットなどを搭載していた。他にも暖かいスープ、お茶やカゴメの六条麦茶、ジュースなどを搭載していた。人気商品はジャワティとコンソメスープで、後者は日本航空やエア・ドゥのものより薄めで飲みやすいとの評価があった。

ビジネスクラス

成田―ホノルル線の就航に伴ってDC-10型機に導入されたビジネスクラス。後のスーパーシートの前身と言えるが、形態は日本航空のそれに類似する。機内食もエコノミークラスより豪華であり、主に和食を中心としたものの他、軽食も提供された。なお、ホノルル空港のラウンジはクラスに関係なく利用が可能だった。

スーパーシート

ボーイング777のスーパーシート導入に合わせ、1997年4月1日からA300-600R型機において、スーパーシートを導入。座席数は一機あたり12席、ピッチ102cm、幅47cm。レインボーセブンとの違いは、フットレストが手動、テレビも天井のCRTビデオモニターだった。バゲージ・チェックイン・ラウンジ（ラウンジのない空港では空港内売店で使用できる商品券）・機内食などのサービスはレインボーセブンのものと同じだった。

ボーナスシート

1997年4月1日から機体最後尾にエンジンが搭載されていたDC-9-81、MD-81、MD-87、MD-90型機に導入された格安座席。「窓が無い」、「エンジンがうるさい」、「座席がリクライニングしない」と不人気だった機内最後尾の5~7席の運賃を、通常運賃の50%としたもの。事前購入割引ではなく定額料金だった。当クラスを含むと4クラスとなる。

チャイ・ランメニュー

2001年より、香港を代表する映画制作会社、ゴールデン・ハーベストの副社長兼プロデューサーで、食通としても知られる蔡瀾（チャイ・ラン）が監修した機内食が成田-香港線で提供されていた。

民族衣装

2001年に、関西国際空港-昆明線のみの限定サービスとして、客室乗務員が中華人民共和国雲南省の少数民族の衣装を着用して機内サービス行うサービスを提供した。

フローラルルーム（女性優先トイレ）

客室乗員部乗務室長（当時）の吉田千鶴子の発案により、1996年3月に国内航空会社として初めて設置された女性優先化粧室。ドライフラワーのハーブが香るトイレには、コロンやハンドクリーム、ウェットティッシュなどアメニティグッズなどが設置されていた。まれに書籍などで「女性専用トイレ」と表記されることがあるが、あくまで「優先」であり、男女とも利用可能だった。

機内誌

日本エアシステムは、機内誌として「ARCAS」（アルカス）を搭載し、他に機内販売の案内などを搭載していた。