日本航空の旧塗装機材がまだまだ残る中、旧日本エアシステムの機材の塗装はいち早く新しい塗装に塗り替えられた。最後まで旧日本エアシステムの塗装が残っていた機材について、エアバスA300-B2/B4が老朽化と機材統一を目的に2006年3月に定期便から退役し、予備機として保存されていた3機はアメリカへ売却、マクドネル・ダグラスMD-81が同年4月に新塗装となり、日本エアコミューターのYS-11を最後に2006年10月、吸収合併と共に旧日本エアシステムの塗装を持つ現役機材は日本から姿を消した。

アメリカへ売却されるA300の3機は、日本エアシステムのロゴだけが消された状態で、2006年夏前から羽田空港に残っていたが、同年の夏中に空輸された。現在、旧日本エアシステムの塗装を見ることができるのは、「みちのく北方漁船博物館」のYS-11（もともとJAC機として運行されていたものをJAS塗装に戻したもの）と、トルコやアメリカへ渡った4~5機のA300のみである。

現在、完全な日本エアシステム塗装の機体は、「みちのく北方漁船博物館」でのみ見ることができる状況だが、月刊エアライン2006年12月号によると、アメリカインディアナ州グリソム（Grissom）航空博物館で元日本エアシステムのYS11の復元計画があるという。このYS-11-120（製造番号2035、JA8676）は、日本国内航空で「くまの」として親しまれ、東亜国内航空・日本エアシステムで活躍した後、1995年にNASアビエーションが、1996年にKFSアビエーションが購入し、インディアナ州グリソム空軍基地にフェリーされた。

当地では隊員の研修などに使用された後、隣接する博物館で保存されることとなった。当機は、日本エアシステム時代のロゴや機体番号は消去され、プロペラと中後部座席が撤去されているものの、ギャレーやラバトリーは日本エアシステムの文字が残存しているほど状態が良好であり、「レッド&グリーン」と呼ばれる旧塗装がそのまま残っているため、「日本エアシステム」として往時の姿に復元される予定である。この計画に対し日本航空は資金・資材の支援はしないものの、復元のための資料を提供する予定である。