三塚派に移行してからは、森グループと、急速に派内での発言力を増していた亀井静香グループとの対立が激しくなる。1994年11月、自民党の下野に伴い呼びかけられた派閥解消で、清和会は解散し、派閥に代わって結成が認められた政策集団として「21世紀を考える会・新政策研究会」を結成した。三塚は同会の会長にそのまま留任した。

1998年、森グループ主導により、三塚派の独自候補として小泉純一郎の自民党総裁選出馬を決定したことに亀井グループが反発。異議を唱えるが押し切られ、総裁選後に森が党幹事長に就任したことで派の分裂が決定的となる。同年9月に亀井グループは三塚派を離脱した。その後、12月に森が三塚から派閥を継承する。