一部の報道によると、2004年から2005年の間に同機構に対し、魚住汎英参議院議員（当時）がかかわり合いのある熊本県宇城市の内航海運会社の使用料滞納金1億円を、制度上認められていない減免を行うようにと働きかけ、制度上の理由から減免を拒んだ同機構課長に対し廊下に立たせて恫喝し、さらには同機構理事長や国土交通省局長らを呼びつけて謝罪させ、北側一雄国土交通省大臣（当時）などに対し責任を問うぞとも電話をした。恫喝されたとされるこの課長は2005年2月の異例の時期に人事異動で別の部署に異動させられることとなった。魚住汎英はこれに対し「内容は記憶していない」としている。