しかし、彼が終始民主化運動を徹底的に弾圧し、終身大統領として自身の権力を死ぬまで保持しようとしたこと、朴政権下での拷問、不当逮捕を含む強権政治が大統領の死後も二代の軍事政権に引き継がれ韓国の民主化を阻んだことも事実であり、内政における自由化が遅れる原因となった。

批判的な見地からは、独裁者としての批判に加えて朴正煕を植民地支配における対日協力者・親日派とする意見もあり、実際親日人名辞典編纂委員会の名簿に記載された。2004年に日本植民地統治時代の対日協力者を解明するための日帝強占下反民族行為真相糾明に関する特別法が可決され、その時代に日本の陸軍士官学校で学び、満州国国軍に参加していた彼もそれに含まれる（最終的には、保守派の反対を受け彼は該当しないように配慮されることとなる）という一幕もあった。これらは韓国で行われている歴史見直しの一環であるが、次期大統領選絡みで、彼の娘であり有力候補の一人であるハンナラ党党首・朴槿恵の人気低下を狙ったという見方もある。朴大統領をはじめ韓国の軍事政権が行った開発独裁政治に、大日本帝国の韓国植民地支配が手法、理念その他でどれだけ影響を与えていたかは歴史家によって意見がまちまちである。

また、ベトナム戦争への参戦については、派遣された韓国軍部隊が現地でベトコンと見なした一般市民を女性や子供も含めて大量虐殺する事件やベトナムの女性を強姦する事件、その他数々の野獣のような蛮行を起こしたこと、及びベトナム戦争自体にベトナムの独立運動を妨害･抑圧する性格（当時の植民地解放闘争は共産主義との関連が強かった、ベトナム戦争も参照）があったのではないかという問題もあって、ベトナム人の視点からすれば朴大統領はまぎれもない「侵略者の一員」であるとベトナム人の多くおよび韓国、日本のリベラル派の歴史学者を中心に指摘されている。とりわけ、韓洪九は自著『韓洪九の韓国現代史』（元はハンギョレ新聞連載コラム）でベトナム戦争の植民地解放運動への圧迫としての面を重視し、日本による侵略に苦しんだ韓国の近現代史と重ねながら、朴大統領のベトナム戦争参戦を批判している。