鎌倉時代以降、源頼朝が「征夷大将軍」の位を得て幕府を開いて後は、幕府の政治力が徐々に高まっていった。しかし、鎌倉時代を通じては、朝廷も全国支配を行う政府として存続し続けた。一方、鎌倉幕府においては執権職を独占した北条氏が覇権を握り、征夷大将軍は名目上の武家の棟梁ではあるけれども、実際は北条氏の傀儡となった。室町幕府が成立すると、3代将軍足利義満の時期に、義満は公武両権力の頂点に立った。それ以降、「征夷大将軍」は武家の最高権威となった（ただし、実質的権力については、元将軍である室町殿〔足利氏家督〕や大御所が握っている場合もあり、必ずしも征夷大将軍が握っていたわけではない）。この時期以降、朝廷は単なる形式だけの政府で、幕府こそが日本全土を統治する正真正銘の政府となったと言える。

南北朝時代には、南朝の北畠顕家が鎮守府将軍を鎮守大将軍と名乗ることを認められているが、これは征夷大将軍と同格の存在としてこれに対抗する意図があったとされる。