源頼朝は当初、関東武士団の棟梁（＝鎌倉殿）でしかなく、律令制下における地位を持たなかった。即ち、当初は平将門等と同じ地方叛乱の首領でしかなかったのである。その頼朝の政権構想には、先行モデルとして平家政権・源義仲・奥州藤原氏地方政権の3パターンがあり、それらの比較検討から次第に鎌倉政権のイメージが練られたと思われる。

• 平家政権の段階では、元々当時は公家の地位が高かったため、平氏の中の平家は公家の一つになることで栄華を誇った。これに対し頼朝は武士の地位そのものの向上に向けて動き出した。そこで、朝廷に対して、武士の自主的統治権を確立するために相応の地位を求めていくようになる。
• 中央・京都に進出した源義仲は、過去に存在した「征東大将軍」という官職に任官した。征東大将軍の地位は東方の勢力を成敗する使命を暗示するもので、その裏には義仲の頼朝に対抗する意図が推定されるが、義仲政権はごく短期の政権に終わった（近年までは、義仲が任官したのは『吾妻鏡』『百錬抄』を根拠に「征夷大将軍」とする説が有力で、『玉葉』に記されている「征東大将軍」説を唱えるのは少数派であった。だが、『三槐荒涼抜書要』〔『山槐記』の抄出〕に「征東大将軍」と記されているのが発見され、『玉葉』『三槐荒涼抜書要』が同時代史料〔公家の日記〕であるのに対して、『吾妻鏡』『百錬抄』は後世の編纂史料であるため、現在では「征東大将軍」説の方が有力になっている）。
• 当時の東北地方は奥州藤原氏が支配し、朝廷の支配が及んでいない地域だった。奥州藤原氏は「鎮守府将軍」の地位を獲得し自らの居所を「柳の御所」「柳営」と称した。柳営とは幕府の別名である。鎮守府将軍は、陸奥国、出羽国内で軍政という形での地方統治権が与えられており辺境常備軍（征夷大将軍の場合は臨時遠征軍）の司令官という性格を持つが故に京都在住の必要が無く、地方政権の首領には都合が良かった。これは頼朝政権の格好の雛形となったろう。

、頼朝は、右近衛大将（右大将）に任官され、自らの家政機関を政所として公認された。しかし近衛大将はその職務の性格上京都に在住しなければならず、関東での独立を指向するには不向きだった。そこで頼朝は右大将を辞任し、前右大将としてその特権を保持した。「前右大将」という名目を鎌倉政権の歴代首長の地位としていく構想もありえなくはなかったと思われる。だが、右大将では形式上の官位こそ高いが、すでにライバルだった源義仲が征東大将軍だったことに比べると、中央近衛軍司令官という性格上、積極的に地方の争乱を武力で鎮圧する地位ではない。また奥州藤原氏の鎮守府将軍と比較すると「武士の自治」という重要な積極的要素が欠けていた。

そこで頼朝が注目したのが「征夷大将軍」という官職であった。これは軍政（地方統治権）という意味では鎮守府将軍と同様である。かつ、坂東の兵（この場合は東国の武士）を率いて奥羽の蝦夷（この場合は奥州藤原氏）を征伐するという目的からしても、鎮守府将軍より故実からして格上でもある格好の官職であった。

つまり、

• 東国武士の棟梁として君臨する鎌倉殿という私的地位
• 守護・地頭を全国に置き、軍事警察権を行使する権限
• 右大将として認知された、家政機関を政所などの公的な政治機関に準ずる扱いを受ける権限

を、全て纏め上げて公的に担保するのが征夷大将軍職であった。

ただし征夷大将軍職は奥州藤原氏を討つための奥州合戦においてこそ必要とされた官職であって、実際に任官したにおいては、既に頼朝にとって必要性はなくなっていたという説も有力である。実際に頼朝は征夷大将軍職にあまり固執しておらず、2年後のには辞官の意向を示している。また源頼家は家督継承にあたりまず左近衛中将、ついで左衛門督に任官されており、征夷大将軍職を宣下されたのはその3年後である。さらに比企能員の変に際しては総追撫使・総地頭の地位の継承が問題となっており、将軍職は対象とされていない。したがって、この段階では将軍職は、武家の棟梁の絶対条件ではなく、さほど重視されていなかったことがうかがえる。一方、源実朝の家督継承に際してはまず将軍職が宣下されている。

だが近年、『三槐荒涼抜書要』に、頼朝の征夷大将軍任官の経緯の記述が発見された（それまでは同時代史料の記述が見つからなかったため、後世の編纂史料である鎌倉幕府の公式記録『吾妻鏡』の記述をもとに推測がなされていた）。それによると、頼朝が望んだのは「大将軍」であり、それを受けて朝廷側が、凶例である「惣官」（平宗盛）・「征東」（源義仲）や先例のない「上将軍」を斥け、吉例である「征夷」（坂上田村麻呂）を採用することにしたという。つまり、頼朝にとって重要なのは「征夷」ではなく「大将軍」であり、朝廷側も消去法で選んだだけだったことが明らかとなった。そのため、「征夷」に重点を置いた解釈のされてきたこれまでの研究には再検討の必要が出てきている。

また、源頼朝が征夷大将軍を望んだものの後白河法皇に阻まれたとされる事情については『吾妻鏡』建久3年7月26日条の「将軍事、本自雖被懸御意、于今不令達之給、而法皇崩御之後、朝政初度、殊有沙汰被任之間。」などに記され長く信じられてきたが、近年になって『吾妻鏡』の寿永3年4月10日条の記事がこれと矛盾する内容を持つことが指摘された。この記事は源義経の使者が頼朝が3月27日の除目で正四位下に叙されたことを知らせるもので、同条には除目の経緯が書かれている。それによれば後白河法皇が源義仲討伐の戦功として藤原忠文の先例に倣って征夷将軍の地位を与えることが検討されたものの、議論によって叙位のみとなったとされている。ところが『玉葉』の寿永3年2月20日及び3月28日条には頼朝からの申状によって法皇から与えられる筈であった全ての官職を辞退して叙位のみを受けたことが記されている。この事態を説明するには、後白河法皇が既に終わった合戦の戦功として頼朝に征夷大将軍と同義の征夷将軍を与えようとしたものの、頼朝が辞退したと解するほかなく、蝦夷征討が終わってから久しい当時において後白河法皇・源頼朝がともに征夷将軍（=征夷大将軍）を名誉的な官とみなして「武家の棟梁」「東国の支配者」の官職として認識してはいなかった可能性がある。更に寿永以後、頼朝が実際に征夷大将軍に補任されるまでの間に征夷将軍・征夷大将軍の地位や職権について議論された形跡が京都・鎌倉双方の同時代史料からは確認できないとされる。その場合、鎌倉殿の持つ権限の根拠は特定の官職によるものではなく、寿永2年10月宣旨や文治の勅許など、頼朝以来の代々の鎌倉殿が朝廷によって承認されてきた東国支配権や諸国守護権など各種の軍事的・警察的諸権限によるものであり、頼朝以来3代の征夷大将軍補任の実態は職掌・実権のない空名の官職補任以上のものではなかったとされる。この説によれば、『吾妻鏡』による3代の征夷大将軍補任記事は征夷大将軍の権威が確立した後の脚色記事であり、実際に征夷大将軍補任が政治的意味を持つようになるのは、河内源氏嫡流が断絶して武家源氏ではない鎌倉殿（摂家将軍）を迎えた時とされる。摂家将軍を擁立した執権北条氏ら鎌倉幕府側は、鎌倉殿の後継者の地位及び頼朝以来認められてきた諸権限を頼朝以来の3代が共通して補任されてきた空名の官職である征夷大将軍の職権として結びつた上で、新たな鎌倉殿である摂家将軍への継承を求め、承久の乱後に親幕府派によって掌握された朝廷もこれを認めたことにより、征夷大将軍が「武家の棟梁」「東国の支配者」の官職に転換されたとする見解を採っている。<ref>北村拓「鎌倉幕府征夷大将軍の補任について」（所収:今江廣道 編『中世の史料と制度』（続群書類従完成会、2005年） ISBN 978-4-7971-0743-2 P137-194）</ref>

源氏の征夷大将軍が3代で断絶すると、摂家将軍、宮将軍を傀儡に据えて執権を世襲した北条氏が実権を握ることになった。 執権がいなくならないうちに攻められ滅びてしまった。