武装闘争のための非合法部門は、以下の2つのグループに統合されている。

• アル＝ムジャーヒディーン・アル＝フィリスティーニウーン（パレスチナ聖戦士）：1987年のインティファーダ以来勢力を拡張し、反イスラエル闘争のリーダー的存在となった。
• ジハーズ・アマン（保安部門）：配下に執行機関であるマジドを有し、イスラエルの協力者の暗殺に従事している。

ハマースの機構には、シャヒード（自爆テロ）部隊も存在する。隊員は、イスラエルから被害を受け、ユダヤ人を憎悪する18歳から27歳の住民から選抜される。ハマースの宗教指導者は、イスラエル撃滅という聖なる目的で死ねば、天国に行けると彼らを納得させている。

ハマースの軍事部門には、イッズッディーン・アル＝カッサーム大隊が存在し、イスラエル人及びその協力者の誘拐・暗殺に従事している。1992年以降の大規模なテロ活動、ロケット弾攻撃の大部分は、同組織の仕業とされている。ハマース内部でもっともサラフィー主義の影響が濃い部門で、アル＝カーイダのシンパも多数いるとされ、ハマースの他部門との路線対立が存在すると言われる。