ハマースは、当局の干渉を避けるために、4つの独立的な部門に分かれている。

• ダヴァフ：インフラ拡張、メンバーの募集、宗教裁判、資金調達及び配分
• 街頭行動の組織・調整部門
• アマン：イスラエルの協力者に関する情報の収集
• ア＝アリャム：プロパガンダ用のビラ、出版物の配布、テレビ・ラジオでの活動

ハマースの指導機関は、マジリス・アル＝シューラ（評議会）である。政治局は、総合戦略を立案し、各部門の活動分野と機能を決定する。ラビタート・ウリャマ・フィラスティン（パレスチナ・ウラマー協会）は、イスラームの観点からハマースの活動に合法性を与える。