1980年代の第1次インティファーダ時代に、ヤーセル・アラファートのパレスチナ解放機構(PLO)と一線を画した民衆レベルでのイスラエル抵抗運動を組織、パレスチナ解放運動を広めた。

イスラエルは、当初はPLOに対抗する勢力となることを期待し、密かに援助したこともあった。PLOとハマースは敵対していたからである。ハマースは教育、医療、福祉などの地道な活動でパレスチナ人への支持を広げていった。

1990年代にはPLOが進める中東和平に反対した。和平がイスラエル側の推進者イツハク・ラビンの暗殺をきっかけに崩壊に向かった後、2000年、右傾化したイスラエルによってパレスチナへの圧力が強まるとその抵抗運動の中心組織となり（第2次インティファーダ）、自爆テロ（Suicide bombing,直訳すると「自爆」だが、日本の報道では「テロ」と訳されることが多い。アラビア語メディアではالعملية الإنتخاريةal-Intikhariya, 自殺作戦と呼ばれることが多い。）を行い、イスラエルの兵士・入植者に加えて一般市民を殺傷してきている。

こうしてイスラエル当局側は、PLOに代わってハマースを抑えこむ政策を取り、2004年3月22日、創設者のアフマド・ヤースィーン師が、彼の暗殺を目的としたイスラエル軍ヘリの攻撃により殺害された。翌日、最高幹部のひとりアブドゥルアズィーズ・アッ＝ランティースィーが後継者を宣言したが、同年4月17日にイスラエル軍ヘリの攻撃を受け暗殺された。

イスラエルや欧米側からは、ハマースは自爆テロばかりやる過激な連中であるという印象が広まっているが、パレスチナ住民にとっては、機能不全に陥っている自治政府にかわって、貧困層のために病院、孤児院、学校などの経営を行うといった医療・教育等福祉をおこなっている自助組織の意味合いが強い<ref>「パレスチナ選ハマス勝利」ファタハ敗因は生活苦 官僚主義や腐敗にも批判 しんぶん赤旗・2006年1月28日</ref>。 そういったこともあって、ハマースは、2004年12月から行われたパレスチナ地方議会選挙においては過半数の議席を獲得した。

また、2006年1月のパレスチナ評議会選挙でも貧困層を中心に支持を広げ、76議席と過半数の議席を占めるなど圧勝した。3月29日、ハマースのイスマイル・ハニーヤが首相となり、パレスチナの政権参加を果たした。これにより、中東和平プロセスは重大な局面を迎えた。

アメリカ合衆国やEUや日本などの先進国では、ハマースが主権を握ったことについて中東和平の弊害になると思われている為、非難している。これらの各国はパレスチナへの援助を差し止めた（7月、日本は世界食糧計画などを介した形で再開）。

しかし、国際連帯運動(ISM)、パレスチナ・メディア・ウォッチ の活動家パトリック・オコナーによると、ハマースは政権参加後、おおむね停戦を守っていると指摘。2000年から2006年11月3日までの、パレスチナ側とイスラエル側の犠牲者数の比率は39:10である。しかし、2006年は258:10で、3月のハマースの政権参加後に限ると、762:10にまで差が広がったという<ref>Israel's Large-Scale Killing of Palestinians Passes Unreported</ref>。一方、イスラエル諜報機関の元長官ディクター氏は、分離壁の建設によって自爆テロを90％阻止することが出来たと証言している<ref>Online NewsHour（英語）</ref>。実際、自爆テロは未遂の時点で逮捕されているケースが多く<ref>haaretz　2008年2月29日 エルサレムで１７歳の少女を自爆容疑で逮捕</ref>、ハマース側が自粛しているのではなく、物理的に自爆テロが出来ない状況になっていると思われる。なお、このような状況下でハマースはロケット砲による無差別攻撃に攻撃を転換したとの指摘もある。

ハマースは、ヤースィーンとランティースィーが相次いでイスラエル軍に殺害されたため、次のリーダーを安全のために公表しなかった。 しかし、2005年9月3日に軍事部門「イッズッディーン・アル＝カッサーム旅団」の指揮官を公表した。このトップにいるのが、ムハンマド・ディーフである。

事実上の最高指導者は、ハマース政治局議長のハーリド・マシャアル。1997年、イスラエル諜報特務局に毒殺されかけたことがあるが、ヨルダンが国交断絶をも視野に入れて解毒剤をイスラエルに要求したため、一命を取り留めた。その後ヨルダンを追われたが、パレスチナには入らず、シリアに逃れた。2007年5月21日、イスラエルのアビ・デヒテル警察長官（警察相）は、「見つけ次第、軍は彼を片づける」とマシャアルの暗殺実行を公言した。

また、デヒテルはハニーヤ首相についても、「（イスラエルに対する）攻撃命令を出している者の中にハニーヤが連なっているならば、彼も正当な（暗殺の）標的となる」と述べた。

2007年6月12日、ハマースはガザ地区の武力占拠に及び、ファタハとの挙国一致内閣は崩壊、事実上内戦状態に突入した。また、イスラエルはハマースの議員を40人以上拘束し、評議会での活動を事実上マヒさせた。

同年7月、ハマース配下にあるTV局アルアクサ・テレビが、イスラエルに抵抗することを呼びかけるミッキーマウスに酷似したキャラクター「ファルフル」が登場する子供向け番組の最終回を放送し、その中で「ファルフル」がイスラエル当局者に扮した男に暴行される映像が流された。「視聴者の子供に悪影響を与える」としてイスラエルが抗議声明を出している。

政権の座から追われた現在も、評議会では依然過半数を握っている。そのためファタハ側は評議会を開会せず、非常事態宣言を根拠に組閣している。ハマース側は「ハニーヤ内閣こそ正当政府」として、ガザでは単独で自治政府を運営して、内閣を組織しているが、イランやシリア以外の国際社会が、いち早く西岸のファタハ単独内閣を承認したため、現在は孤立しているのが現状である。　また、連立政権時代は自制していたカッサーム・ロケット砲によるイスラエル領内への攻撃も再開したため、イスラエル軍によるガザ攻撃を招く口実を与えてしまっている。こうしたハマースの強硬一辺倒の態度に対して、かつて連立政府の報道官を務めたガーズィー・ハマド氏は、現在のハマース指導部の対応を批判する文書を発表している。2008年に、イスラエルとの休戦に合意した。

しかし、その半年後、休戦延長を望むイスラエルと仲介者エジプトの声をよそにハマースは、停戦延長を拒否すると宣言した<ref>パレスチナ：ハマス「停戦延長せず」イスラエルに宣言 毎日新聞・2008年12月19日</ref>。さらに休戦期間終了を待たず、ロケット砲による無差別な攻撃を開始し、イスラエルは攻撃を中止するように再三にわたり警告を発したが、ハマースはそれを黙殺し、イスラエルへの攻撃を続けた<ref>ハマス、ガザから迫撃砲攻撃　イスラエル側は反撃示唆 　朝日新聞・2008年12月25日</ref>。2008年末、イスラエルはハマースのロケット砲壊滅を目的とし、ガザへの空爆を開始した。2009年1月1日にハマース創設者の一人で、ガザのハマース指導部のメンバーでもあるニザール・ラヤーンがジャバリーヤ難民キャンプにある自宅に居たところをイスラエル軍に空爆され、死亡した。2009年1月15日には、ハマース政府の内相で幹部の一人であるサイード・スィヤームがイスラエル軍の爆撃で殺害された。

シャリーアに基づく統治を目指しているため、当然のことながら現代国際社会において要求される水準の人権のうち、いくつかに対し見解を異にしており、とりわけ同性愛者には敵対的である<ref>パレスチナのイスラム原理主義組織ハマス　「同性愛者は処罰する」と発言　GayJapanNews・2005年11月10日</ref>。このため、イスラエルによるパレスチナ強占に反対している国際社会の知識人であっても、ハマースに対する危惧が存在している。

ただし、大衆動員用のプロパガンダとしてイスラーム宗教主義的スローガンや政策目標を唱えてはいるものの、それらがどの程度実際の政策・外交に影響を与えているかは議論の分かれるところである。ハマースは、パレスチナ当局およびファタハに加え、シリア、イラン、ヨルダン、エジプト各政府と連絡をとりつつプラグマティックな外交を展開していると考えられている。