異なる都道府県に所属する市町村が廃止され、その区域に市町村が設置される場合は、関係する市町村・都道府県が、それぞれ議会の議決を経て申請し、総務大臣が定める（第7条第3項）。

従来、都道府県の境界を越える市町村の合体（複数の市町村を廃止して、その区域に新たに市町村を設置すること）にも、第6条第1項により、新たに制定される法律によるものとされていた（昭和28年6月29日付け　自行行発第195号）。

そのためもあり、2005年の長野県山口村と岐阜県中津川市との合併は、中津川市への編入という形をとることになった。 それを契機として、平成16年法律第57号による改正により、都道府県の境界にわたる市町村の境界変更の手続きと同様の簡易な手続きによることとされた。