都道府県の境界変更も、廃置分合と同じく法律（地方自治特別法）によることを原則とするが、次のような場合は「自ら変更する」こととなっている（地方自治法第6条第2項）。

• 都道府県の境界でもある市町村の境界に変更があったとき
• 都道府県の境界にわたって市町村の設置があったとき

この二つの場合においては、関係する市町村・都道府県が、それぞれ議会の議決を経て申請し、総務大臣が定めることとなる（）。

• 従来地方公共団体の区域に属しなかった地域を市町村の区域に編入したとき

市町村の境界変更と同じく、市町村の区域に変更があったことに伴う変更であるからである。