江戸時代の幕藩体制の時代には、領国支配・分割統治が行われていたが、明治維新後は段階を経ながら明治政府による直轄支配・中央集権体制が敷かれていった。

順次設置された府・県・庁・都のいずれにおいても、内務省（戦後廃止され自治省の後に総務省に引き継がれた）によって任命された長官が行政を司り、国の地方行政機関として中央集権体制が維持された。一方で、都庁府県それぞれに民選議会が設置されたことによって、ある程度の地方自治があった。