発足時より新しい案内サインシステムの導入を進めている。発足時は大手町駅と銀座駅に試験的に設置され、2005年10月から2006年3月までに乗り換え駅に、翌2007年3月までに大部分の駅に設置された。その後営団地下鉄時代のサインシステムが残っていた各駅についても、順次更新が進められた。半蔵門線渋谷駅は、2007年12月2日の東急への業務移管に伴い、東急様式のサインシステムが設置された。

有楽町線の地下鉄成増駅 - 池袋駅間の各駅と新宿三丁目駅・明治神宮前駅は、2008年6月14日の副都心線開業に合わせてさらに新しい案内サインシステムが設置された。ただし、現在でも駅名標や改装工事中のエリアには、更新されずに残っているサイン類がある。

反面、デザインの専門家を中心に、案内表示などの書体を新ゴに切り替えたことや、極度に際立った色使いによる既存の内装との不調和への苦言を呈する者もいる<ref>Designcafe annex T-galaxy.com - サイン・インターフェイス・・その1 新ゴ</ref><ref>まんぷく::日記 - 東京メトロの新フォント</ref>。