大人普通旅客運賃（小児半額・10円未満切り上げ）。2004年12月1日現在。

• 都営地下鉄との乗り継ぎには割引がある（最も安い経路の運賃から70円値引き。パスネット・PASMO・Suica使用時も対象）。
• 千代田線綾瀬 - 北千住間(2.6km)の相互発着は130円（小児60円）の特定運賃。また、前後のJR常磐線と跨って利用する場合は、同区間をJR線（2.5km）として取り扱う。この区間に限り東京地下鉄で唯一JRの乗車券や西日本旅客鉄道（JR西日本）のICOCA、東海旅客鉄道（JR東海）のTOICA、北海道旅客鉄道（JR北海道）のKitacaが利用できる。
• TOICA、ICOCA、Kitacaでは、PASMOエリアに乗り越しができないので、JR線と東京地下鉄線間を改札を通らずに乗り通す場合、着駅までの連絡乗車券か、接続駅（中野、西船橋、綾瀬、北千住）までの乗車券を購入する必要がある。
• 南北線目黒駅 - 白金高輪駅間のみの乗車の場合は、線路・ホームを都営三田線と共有しているため、都営地下鉄の乗車券でも乗車することができる。同区間のみの利用の場合は東京地下鉄の運賃を適用、白金高輪以遠にまたがる場合は、全区間を引き続き利用する方（あるいは乗ってきた方）の運賃として適用する。
• 近距離では他社に比べてやや割高感があるが、中・遠距離は非常に安い（例：中野から西船橋まで300円。同区間をJR東日本で利用すると540円であり、両駅の周辺駅への利用や通過連絡運輸を適用した場合でも地下鉄線経由の方が安くなるケースが多い）。