東京の地下鉄の歴史は、1927年（昭和2年）東京地下鉄道株式会社が、早川徳次により浅草駅 - 上野駅間（現在の銀座線の一部）を開業したことによって始まった。その後、新橋駅までの延伸と1938年（昭和13年）に部分開業した東京高速鉄道の新橋駅-渋谷駅間との1939年（昭和14年）の相互直通運転開始を経て、戦時下の政府による交通事業の統制（陸上交通事業調整法）によって東京市内の乗合バスと軌道は東京市へ、地下鉄両社は1941年（昭和16年）9月1日に新たに設立された帝都高速度交通営団に引き継がれた。

営団とは戦争（日中戦争）遂行のための統制管理目的の組織である。帝都高速度交通営団は住宅営団、食糧営団などとともにその営団の一つであり、その運営は帝都高速度交通営団法に規定されている。終戦後、GHQの指令によって、他のほとんどの営団は解体されたが、帝都高速度交通営団はその運営が戦争目的ではないと認められ存続された。このため、新線建設の資金調達に関しては財政投融資が活用され、公団に近い形で運営が行われて来た。しかしながら、鉄道の運営に関しては日本民営鉄道協会（民鉄協）に所属しており、大手私鉄に近い形で運営されていた。

戦後は、日本国有鉄道（国鉄分割民営化以降は日本政府）と東京都が出資する特殊法人という位置付けにあったが、1986年（昭和61年）6月10日の臨時行政改革推進審議会の答申で、営団地下鉄民営化の基本方針が打ち出された。その後も1995年（平成7年）2月24日と2001年（平成13年）12月19日の閣議決定を経て、2002年（平成14年）12月18日に東京地下鉄株式会社法が公布され、2004年（平成16年）4月1日に東京地下鉄株式会社となった。株式会社化後も、引き続き出資比率は政府53.4%と東京都46.6%となっており、2008年（平成20年）6月14日の副都心線開業後に株式を上場して、完全民営化を目指すとしている。

1995年（平成7年）3月20日には、地下鉄サリン事件が発生した。当日は営団地下鉄全線で一時運休、中でもサリンを散布された日比谷線は終日運休した。霞ケ関駅などの事件現場となった駅は、3-6日間営業を中止した。

東京メトロ発足後は、表参道駅に商業施設「エチカ」を展開するなど新しい動きが見られるほか、主要駅に「サービスマネージャー」を配し、様々な質問に対応している。

車内の自動放送も変更され、新たに英語による案内放送が開始された（詳細は案内放送の節を参照）。さらに、新しい案内サインシステムの導入を進めている（詳細はサインシステムを参照）。

また、フリーペーパーにも力を入れており、外部の編集・発行分を含めて自社系列の定期刊行フリーペーパーを7誌発行して各駅の専用ラックにて配布しているほか（筆頭は広報紙「メトロニュース」。民営化に伴うリニューアルで「TOKYO METRO NEWS」。「メトロ―」当時は現業部門の裏話なども掲載していた）、2006年秋からは、専用ラックをリニューアルさせると同時に、他社にも門戸を開放して、全部で6社18紙誌の配布を行っている。

そして、発足当時よりテレビのミニ番組『東京日和』を日本テレビで放送するなど、沿線以外からも旅客誘致に努めている。