シンボルマークは、メトロ(METRO)の「M」を図案化した「ハートM」である。アテネオリンピックのシンボルマーク開発も手掛けたイギリスのデザイン会社ウルフオリオンズ社に依頼したものである。なお、営団地下鉄時代はSUBWAYの「S」（ほかにSAFETY、SECURITY、SPEEDY、SERVICEの「S」を含む）を図案化したものだった。民営化を機に、各駅の出入口や車両などに表示されていた「S」のロゴを「ハートM」に変更した。

コーポレートカラーは、シンボルマークの背景色でもある「ブライトブルー」。「東京メトロ」の背景色は「ダークブルー」とし、ブライトブルーを常にメインとしながらも両色を並べて表示する。シンボルマークと愛称を知ってもらうために、基本的に2つのボックスと2つの色を常に並べて表示し、これをコミュニケーションマークと制定した。