島式1面2線で、「つばめ」と「リレーつばめ」が対面方式で接続を取る。また、ホームの新幹線側にはホームドアが設置されている。このホームに発着する列車は「つばめ」「リレーつばめ」に限られるため、駅名標の博多方の次駅は「熊本」となっている（これについては、「つばめ」号記事を参照されたい）。JR九州直営でみどりの窓口がある。なお、新幹線駅前からは熊本空港連絡バスが発着している。

また、もう1面1線のホームと線路があり、現在は保守車両用となっている。将来の延伸時にはこれを上り線、現在の新幹線ホームを下り線とし、リレーつばめ用線路は改軌の上保守用に転用し、新幹線乗り場としては相対式2面2線とする計画がなされている。従って、延伸後も新八代駅以南では、新水俣駅で上り本線を横断しないかぎり、下り列車の追い抜きができない計画である。さらにホームの博多方に引き上げ線があり将来的にはこれが本線に流用される。