相対式2面2線で、八代側、熊本側共に渡り線がある。熊本側には肥薩おれんじ鉄道車両のための留置線があり、一部の肥薩おれんじ鉄道線の列車が当駅で折り返している。九州交通企画が駅業務を行う業務委託駅で、POS端末機および自動券売機を設置。 <gallery> 画像:Shinyatsushiro_eki_5.jpg|在来線ホーム 画像:Shin-yatsushiro station sign 1.jpg|特産の晩白柚が描かれた駅名標 </gallery>