在来線は地上駅（橋上駅舎）で番号は1・2番線、新幹線は高架駅で11・12番線となっている。駅舎それぞれが独立しているため連絡改札口のようなものはなく、乗り換えにはそれぞれの改札を一旦出て駅舎間の通路を通って行くこととなる。 <gallery> 画像:Shin-Yatsushiro Station Layout 1.svg|ホーム配置図 画像:Shinyatsushiro_eki_2.jpg|南口（左が在来線） 画像:Shinyatsushiro_eki_3.jpg|西口（在来線） </gallery>