ザンスカール帝国は地球圏に新たな秩序を打ち立てることを名目に、自国の軍事組織ベスパを動員し、他のスペースコロニーの制圧や地球への侵攻を始める。その戦略や建造された大型兵器には目を見張るものがある。このザンスカール帝国の侵攻に伴うザンスカール戦争は弱体化・形骸化していた地球連邦の無関心もあって、ザンスカール帝国は当初、有利に事をすすめたが、抵抗組織リガ・ミリティアやそれに同調した地球連邦軍の一部から反撃を受けるようになる。帝国の事実上の支配者である宰相のカガチは半ば個人的な感情に基づき、最終兵器エンジェル・ハイロゥをもって人類を粛清することをこの戦争の隠された真の目的としていたが、エンジェル・ハイロゥをめぐってのリガ・ミリティア及び地球連邦の連合軍に対する決戦において主戦力のほとんどが壊滅、女王マリアや宰相カガチをはじめとする帝国の主要メンバー全員が戦死してしまった。

その後のザンスカール帝国について劇中で語られることはないが、おそらくは崩壊（というより自然消滅）したものと思われる。