1991年2月1日以降のもの。それ以前の廃止市町村は熊本県の廃止市町村一覧を参照。

• 本渡市
• 牛深市
• 飽託郡 北部町・河内町・飽田町・天明町 （飽託郡は郡自体も消滅）
• 宇土郡 三角町・不知火町 （宇土郡は郡自体も消滅）
• 下益城郡 松橋町・小川町・豊野町・中央町・砥用町・富合町
• 玉名郡 岱明町・横島町・天水町・菊水町・三加和町
• 鹿本郡 鹿北町・菊鹿町・鹿本町・鹿央町
• 菊池郡 七城町・旭志村・合志町・泗水町・西合志町
• 阿蘇郡 一の宮町・阿蘇町・波野村・蘇陽町・白水村・久木野村・長陽村
• 上益城郡 矢部町・清和村
• 八代郡 坂本村・千丁町・鏡町・竜北町・宮原町・東陽村・泉村
• 葦北郡 田浦町
• 球磨郡 上村・免田町・岡原村・須恵村・深田村
• 天草郡 大矢野町・松島町・有明町・姫戸町・龍ヶ岳町・御所浦町・倉岳町・栖本町・新和町・五和町・天草町・河浦町