西方教会では16世紀の宗教改革時にプロテスタント教会がウルガータを退け、原語のヘブライ語で書かれた旧約聖書（マソラ本文）を採用することとなった。ローマ・カトリックはこれに対しトリエント公会議（1546年）で、39巻の旧約聖書正典に12巻の「第二正典」を加え、旧約聖書と旧約外典の区別は無視されることになった。<ref>A.E.マクグラス著（高柳俊一訳） 『宗教改革の思想』 教文館、2000年、ISBN 4-7642-7194-X p.194</ref><ref>尾山令仁『聖書の権威』</ref> この結果、西方教会内でもカトリックとプロテスタントでは文書の構成が大きく異なることになった（後掲の一覧を参照のこと）。

プロテスタント諸派が「外典」として排除する書物の一部は、ローマ教会との共同訳であるエキュメニカル派の『新共同訳聖書』では「旧約聖書続編」として扱われている（聖書翻訳あるいは日本語訳聖書も参照のこと）。