また下記の分類法は、脊椎動物を門として扱っている別の分類法のひとつである。

• 無顎動物亜門
  • 頭甲綱
• 魚類亜門
  • 板皮綱（絶滅）
  • 軟骨魚綱
  • 棘魚綱（絶滅）
  • 硬骨魚綱
• 四足動物亜門
  • 両生綱
  • 爬虫綱
  • 哺乳綱
  • 鳥綱