省移行後の名称に関して「庁」から「省」へそのまま移行した現在の「防衛省」の名称以外に、2005年4月に民主党から防衛庁の省昇格意見が出された際などには、「国防省」という名称にすべきという意見が見られた。

「国防省」という日本語は諸外国の国防行政機関の日本語訳名称として広く用いられていること、また、「防衛省という名称では何を防衛するのか不明瞭である」という理由をあげて「国防省」を推す者がいた<ref>諸国の国防を所管する省庁の名称は、英語で表記すればMinistry (Department) of Defence (Defense) すなわち「防衛省」であり、国にあたる単語を含んでいるケースはカナダ、中国、韓国など少数である。日本語での通称と原語での正式名称の間に乖離がある場合が見られる。詳しくは国防省を参照。なお海外の内務省も同様</ref>。

また、2005年末に防衛庁の「防衛省」移行が政治日程に上った際に、連立与党の公明党の中からは、「防衛省」という名称の軍事色を薄めるために「防衛国際平和省」や「防衛国際貢献省」という名称を推す意見もあった。

最終的には与党の合意のもと「防衛省」の名称で法案が提出された。野党の民主党・国民新党を含む賛成多数によって原案どおり可決、省の名称は「防衛省」となった。