防衛庁の省への移行自体に対する反対意見としては、省への昇格は自衛隊の自衛以上の役割の拡大や、自衛隊を軍隊へ格上げしようとする動きであるというもの、省への昇格によって諸外国（特に中国や韓国などの近隣アジア諸国）に日本が軍備の増強、ひいては旧日本軍・軍国主義の復活をはかっているなどの批判を誘発することを危惧する声などがあった。また、「制服組」の発言力向上をはかりたいという意識と結びついた省昇格論への反発として、省昇格によって文民統制が脅かされるのではないか、という警戒論も見られた。

結果的には省昇格に直接ともなう制度上の変化はわずかなものに留まったが、省への昇格と活発化する日本の防衛体制の見直し論議に対する反対意見を複合させて、省昇格に対する否定的な意見は反自衛隊の色彩が強い市民団体などを中心に依然として見られる。例えば、「防衛庁の省昇格は、日本を再び軍国主義への第一歩に踏み出させるものではないか」といったものである。<ref>もっとも、3自衛隊の装備調達及び活動に際してこれらの者達が軍国主義の言葉を多用しているが、実際に軍国主義とは一般的に国際社会における協調主義、国連憲章に基づく平和主義を無視し、独裁政治（言論統制、基本的人権の剥奪など）、統制経済下において軍事力を積極的に行使する国家を指す事が通例であることに留意する必要がある。</ref>