防衛省の前身である防衛庁は、半世紀あまりの間「庁」のまま国家行政組織法上の位置付けの変更は行われなかったが、その間も「省」へ移行（府省の外局である庁から内閣直属の省へ昇格）させるべきとの意見は根強く、検討議論は頻繁になされていた。しかし、具体的な提案として、防衛庁の省移行が政治日程に上ったのは、小泉政権後期の2005年後半のことで、2007年1月に実現した。この間の経緯は以下のとおりである。

• への昇格の議論が本格化、省昇格法案を国会に提出することが予定される。
• 2006年（平成18年）1月30日 - 防衛施設庁談合事件が発覚し、防衛施設庁の問題を放置したまま防衛庁を省へ移行させることへの反対意見が起こる。
  • 6月9日 - 防衛庁を防衛省へ移行させるため、「防衛庁設置法等の一部を改正する法律案」が第164回通常国会に提出。
  • （木） 本会議 防衛庁設置法等改正法案（164国会閣91）37:09～</ref>。
  • などの賛成多数により、同法が成立した。
• 2007年（平成19年）1月9日 - 防衛庁設置法等の一部を改正する法律（平成18年法律第118号）施行により、防衛庁設置法が防衛省設置法に改題され、防衛庁は防衛省 (Ministry of Defense) に改められた。
  • 3月22日 - 初の防衛省令となる「防衛大学校、防衛医科大学校、防衛研究所、技術研究本部及び装備本部組織規則等の一部を改正する省令」が公布された。