防衛省の前身は、1950年（昭和25年）6月の朝鮮戦争勃発を受けて発足した警察予備隊本部（けいさつよびたいほんぶ）に遡ることができる。その後、保安庁（ほあんちょう）、防衛庁（ぼうえいちょう）を経て現在の防衛省に至る。

• 1950年（昭和25年）6月25日 - 朝鮮戦争が勃発、これに対応するため、在韓米軍と共に在日米軍の兵力も充当。
• 1950年（昭和25年）7月8日 - 日本国内における兵力の不足を受けて連合国軍総司令官および国連軍総司令官であるダグラス・マッカーサーは、首相の吉田茂に対して警察予備隊の創設を指示。
• 1950年（昭和25年）8月10日 - ポツダム政令として警察予備隊令が公布・施行され発足した警察予備隊（現在の陸上自衛隊に相当）を管理・運営する総理府の機関として警察予備隊本部が設置。
• 1952年（昭和27年）4月26日 - 海上保安庁の附属機関として海上警備隊（現在の海上自衛隊に相当）が発足。
• 1952年（昭和27年）8月1日 - 総理府の外局として保安庁(National Safety Agency) が発足。
  • 同日、海上保安庁海上警備隊は保安庁に移管のうえ警備隊に改められたが、警察予備隊の方は準備等の都合からそのままの名称で保安庁の所轄下に移管され、遅れて10月15日に保安隊となった。
• 1954年（昭和29年）7月1日 - 保安庁は防衛庁 (Japan Defense Agency) に改組移行（引き続き総理府の外局）。
  • 防衛庁の本庁内部部局は、長官官房、防衛局、教育局、人事局、経理局、装備局の1官房5局による構成。
  • 保安隊は陸上自衛隊に、警備隊は海上自衛隊にそれぞれ改組発足したほか、航空自衛隊が新たに発足。自衛隊の詳細については自衛隊の項目を参照。
• 1956年（昭和31年）3月23日 - 防衛庁、江東区越中島から千代田区霞が関へ移転。
• 1957年（昭和32年）8月1日 - 防衛庁次長に替えて、防衛事務次官を設置。
  • 国家行政組織法の改正に伴い、国務大臣を長とする庁にも事務次官を置くことができるようになったことに伴う措置。
• 1958年（昭和33年）5月23日 - 防衛庁の本庁内部部局として、新たに衛生局を設置し、1官房6局による構成。
• 1960年（昭和35年）1月11日 - 防衛庁、千代田区霞が関から港区赤坂の檜町地区（現：東京ミッドタウン）へ移転。
• 1968年（昭和43年）6月15日 - 防衛庁の本庁内部部局を再編し、教育局と人事局を統合して新たに人事教育局を設置し、1官房5局による構成。
  • 教育局が所管していた教育訓練のうち、部隊訓練は防衛局に移管。
  • 当時の佐藤首相の強力な指示により、各省庁が一律に1局削減しなければならなくなったことにより、1局1課だった教育局を犠牲にした措置。
• 1984年（昭和59年）7月1日 - 防衛庁の本庁内部部局を再編し、人事教育局を教育訓練局と人事局に分離。これに伴うスクラップ・アンド・ビルドのため、衛生局は廃止。
• 1996年（平成8年）7月 - 防衛庁がWebサイトを開設（www.jda.go.jp/ 防衛省・自衛隊ホームページギャラリー）。
• 1997年（平成9年）7月1日 - 防衛庁の本庁内部部局を再編し、教育訓練局と人事局の2局を、運用局と人事教育局の2局に改組。
• 2000年（平成12年）4月26日 - 防衛庁、檜町地区から新宿区市谷本村町の市ヶ谷駐屯地へ移転。
• 2001年（平成13年）1月6日 - 中央省庁再編により内閣府の外局となる。
  • 本庁内部部局を再編し、経理局と装備局を統合して管理局を設置し、1官房4局による構成。
• 2006年（平成18年）7月31日 - 防衛庁の本庁内部部局を再編し、防衛局を防衛政策局に、運用局を運用企画局に、管理局を経理装備局にそれぞれ改組。
• 2006年（平成18年）12月15日 - 防衛庁を省へ移行させる「防衛庁設置法等の一部を改正する法律案」が国会で可決、成立。
• 2007年（平成19年）1月9日 - 防衛庁が防衛省に移行。
• 2007年（平成19年）9月1日 - 外局である防衛施設庁を廃止し、防衛省本省に統合。
  • 防衛施設庁が所管していた業務を所管するため、防衛省の本省内部部局として、新たに地方協力局を設置。1官房5局による構成。
  • 地方支分部局として地方防衛局が発足、特別の機関として防衛監察本部が発足。