防衛省・自衛隊の不祥事を受けて、2007年（平成19年）12月に総理大臣官邸に設置された「防衛省改革会議」は2008年（平成20年）7月15日に報告書をまとめ、その中で、防衛大臣を中心とする政策決定機構の充実として、防衛参事官制度を廃止し、防衛大臣補佐官を設置すること、防衛会議を法律で明確に位置づけることが盛り込まれた。

この報告書の内容を条文化する作業がまとまり、「防衛省設置法等の一部を改正する法律案」が2009年（平成21年）2月17日に閣議決定、同日国会に提出され、このなかで、従来訓令に基づく存在だった「防衛会議」を法律に規定された組織として「特別の機関」に位置づけるとともに、防衛参事官の廃止、防衛大臣補佐官3人以内の新設などが盛り込まれた。この法案は同年5月27日に成立し、6月3日に「防衛省設置法等の一部を改正する法律」（平成21年法律第44号）として公布された。施行期日は、同改正法の公布の日から6か月以内の日とされ、具体的には別途政令で定められる。