1993年（平成5年）に、総合外交政策局と国際情報局が新設された。

川口順子大臣時代の2004年（平成16年）8月1日に、領事移住部を領事局に格上げし、国際情報局が廃止された。また、条約局が国際法局に改編された。11年ぶりに局単位の改編が行われた。

2006年（平成18年）8月1日に、部局の統廃合が行われた。この統廃合では、躍進著しいインドや東南アジア諸国連合などとの関係強化を図るため、アジア大洋州局内に「南部アジア部」が新設された。一方、局単位の改編として、経済協力局及び国際社会協力部のODA関係部門を統合して「国際協力局」を新設し、国際社会協力部の国連行財政関係部門を総合外交政策局に編入し、それらに伴って国際社会協力部は廃止された。なお、全体の局部数には変更はない。