本館（中央・南庁舎）、外務省本館（北庁舎）、新庁舎を、口型に配置した形で構成されている。

• 北庁舎：地上8階、地下1階、1960年
• 中央・南庁舎：地上8階、地下1階、1970年
• 新庁舎：地上7階、地下3階、1995年
• 所在地：千代田区霞が関2-2-1

南庁舎には以前は旧科学技術庁および公正取引委員会が入居していたが、中央省庁再編のため転出した。

本庁舎の耐震工事のため、2002年初頭から2003年末まで一時的に仮庁舎が開設され、港区芝公園の住友不動産芝公園タワーに移転した。旅券課など一部の部署は港区芝大門の住友芝大門ビルに分散入居した。