地域保健法施行令第4条第1項では、保健所の所長とは保健所の医師であって、次の各号のいずれかに該当する技術吏員でなければならないとされている

ただし、地域保健法施行令第4条第2項では「地方公共団体の長が医師をもつて保健所の所長に充てることが著しく困難であると認めるときは、2年以内の期間を限り、次の各号のいずれにも該当する医師でない技術吏員をもつて保健所の所長に充てることができる。」とも定められている。

健康局長通知によると「厚生労働大臣が、公衆衛生行政に必要な医学に関する専門的知識に関し医師と同等以上の知識を有すると認めた者」とは、国立保健医療科学院教育訓練規程第5条第4項第1号に定める者と同等以上の学力を有すると国立保健医療科学院長が認め、「専門課程Ⅰ」の受講資格を得た者とされ、これを認めるに当たっては、国立保健医療科学院において、次に掲げる出題範囲の試験を行うとされる。

現在のところ、医師ではない者が保健所長に就いている例は皆無であり、事実上、保健所長は医師と限定されている状態である。