にある駅を除く。東海道貨物線、高島線、名古屋港線、神戸臨港線も参照。

• 呉服橋駅 ： 1914年廃止、東京駅北方（-0.3km付近）
• 神奈川駅 ： 1928年廃止、東神奈川 - 横浜間（28.2km付近）
• 平沼駅 ： 1915年廃止、横浜駅南方（29.5km付近）
• 興津川駅 ： 1890年廃止、由比 - 興津
• 清見寺仮乗降場 ： 1907年廃止、興津 - 清水間
• （臨）袖師駅 ： 1971年廃止、興津 - 清水間 (166.7km)
• （貨）笹島駅 ： 1986年廃止、名古屋駅同一地点扱い (366.0km)
• 新垂井駅 ： 1986年廃止、大垣 - 関ヶ原間（下り専用線、大垣駅起点8.1km）
• 大宮通仮停車場 ： 1877年廃止、梅小路駅付近
• 戎仮乗降場 ： 1915年廃止、西宮 - 芦屋間（574.5km付近）
• 岡本仮乗降場 ： 1915年廃止、摂津本山駅・甲南山手駅付近（初代・2代目は578.2km付近、3代目は576.6km付近）
• （貨）東灘駅 ： 1972年廃止、現在の東灘信号場 (583.7km)