括弧内は起点からの営業キロ。駅名・施設名は廃止時点のもの。東海道貨物線、高島線、名古屋港線、神戸臨港線も参照。

貨物支線（1985年廃止）

汐留駅 (0.0km) - 芝浦駅 (2.8km)

貨物支線（1984年廃止）

汐留駅 (0.0km) - 東京市場駅 (1.1km)

貨物支線（1959年廃止）

東神奈川駅 (0.0km) - 海神奈川駅 (2.0km)

支線（1915年廃止）

桜木町駅 (0.00km) - 保土ヶ谷駅 (4.02km)

貨物支線（平塚支線・1924年廃止）

平塚駅 (0.00km) - 駅名不詳（1.61km 駅名は「平塚荷扱所」とも）

貨物支線（沼津港線・1974年廃止）

沼津駅 (0.0km) - 沼津港駅 (3.0km)

貨物支線（1930年廃止）

熱田駅 (0.0km) - 古渡信号場 (1.8km) - 千種駅 (4.8km)

貨物支線（西名古屋港線）

名古屋駅 (0.0km) - 名古屋貨物ターミナル駅 (3.9km) - 西名古屋港駅 (12.6km)

※2004年に、名古屋臨海高速鉄道に転換

旧線（1899年廃止）

関ヶ原駅 (0.00km) - （貨）深谷駅 (7.34km) - 春照駅 (10.60km) - 上阪駅 - 長浜駅 (23.03km)

（貨）深谷駅 (0.00km) - 近江長岡駅 (2.88km)

※春照駅、上阪駅は廃線前に廃止

貨物支線（1969年廃止・以前の大津線）

膳所駅 (0.0km) - 浜大津駅 (2.2km)

旧線（1921年廃止）

膳所駅 (0.0km) - 大谷駅 (3.06km) - 大塚信号所 (6.12km) - 山科駅 (8.53km) - 稲荷駅 (13.36km) - 京都駅 (16.25km)

※稲荷 - 京都間は現在の奈良線。

貨物支線（1984年廃止）

梅小路駅 (0.0km) - 京都市場駅 (2.8km)

支線（1877年廃止・安治川支線）

大阪駅 (0.00km) - 安治川駅 (2.82km)

※安治川駅は現在の野田駅南方、大阪市福島区野田4丁目付近にあったとされている。

貨物支線（1980年廃止）

尼崎駅 (0.0km) - 尼崎市場駅 (1.5km)