ここでは山陰連絡線以外は、管内に存在する駅の駅名のみを記す。営業キロ・接続路線・停車駅などの詳細は各愛称路線記事（米原駅 - 京都駅間は琵琶湖線、京都駅 - 大阪駅間はJR京都線、大阪駅 - 神戸駅間はJR神戸線と福知山線（JR宝塚線））、および下に記された各支線記事を参照。

本線

米原駅 - （米原操車場） - 彦根駅 - 南彦根駅 - 河瀬駅 - 稲枝駅 - 能登川駅 - 安土駅 - 近江八幡駅 - 篠原駅 - 野洲駅 - 守山駅◇ - 栗東駅 - 草津駅◇ - 南草津駅 - 瀬田駅 - 石山駅◇ - 膳所駅◇ - 大津駅 - 山科駅 - 京都駅 - （貨）梅小路駅 - 西大路駅 - 桂川駅 - 向日町駅◇ - 長岡京駅 - 山崎駅 - 島本駅 - 高槻駅 - 摂津富田駅 - 茨木駅 - 千里丘駅 - （吹田信号場） - 岸辺駅 - 吹田駅 - 東淀川駅 - 新大阪駅 - 大阪駅 - 塚本駅 - 尼崎駅 - 立花駅 - 甲子園口駅 - 西宮駅 - さくら夙川駅 - 芦屋駅 - 甲南山手駅 - 摂津本山駅 - 住吉駅 - 六甲道駅 - （東灘信号場） - 灘駅 - 三ノ宮駅 - 元町駅 - 神戸駅

北方貨物線

吹田駅 - 宮原操車場 - 尼崎駅

梅田貨物線

吹田駅 - 新大阪駅 - （貨）梅田駅 - 福島駅