前述のように、東京近郊の東海道本線には、大船駅以西へ向かう中距離列車のほか多数の運転系統が存在する。これらについての詳細は各運転系統の記事を参照。

• 横須賀線列車 ： 総武本線（総武快速線）と直通運転を行い、東京駅 - 品川駅間で地下線、品川駅 - 鶴見駅（横須賀線列車は通過）間で支線（品鶴線）を走行し、本線を経て大船駅から横須賀線に入る。
• 湘南新宿ライン ： 池袋・新宿・渋谷を経由し、東北本線・高崎線の大宮駅以北と東海道本線・横須賀線の大船駅以西・以南とを直通運転する。東海道本線（平塚・小田原方面）から高崎線へ直通する系統と、横須賀線から東北本線小山・宇都宮方面（宇都宮線）へ直通する系統が存在する。品鶴線上の旧蛇窪信号場の地点から戸塚駅までは両系統とも横須賀線列車と線路を共用する。
• 京浜東北線電車 ： 東北本線電車線および根岸線と一体化し、大宮駅 - 東京駅 - 横浜駅 - 大船駅を結ぶ。東京駅 - 横浜駅間で東海道本線電車線を走行する。
• 山手線電車 ： 東海道本線・山手線・東北本線を経由し東京都中心部を環状運転する。東京駅 - 品川駅間で東海道本線電車線を走行する。
• 横浜線電車 ： 横浜線・根岸線への直通運転を行う。東神奈川駅 - 横浜駅間で東海道本線電車線を走行する（京浜東北線電車と線路を共用）。

旅客案内において「東海道線」と呼ばれている東京駅 - 熱海駅間の中距離列車は有数の通勤路線であり、平日朝ラッシュ時の上り方面は2 - 3分間隔の高密度運転が行われ、ほかに貨物線を活用した湘南ライナー・おはようライナーも運転される。昼間時は、東京駅発着列車が毎時6本設定され、そのうち1本が快速アクティー、残りは普通列車である。戸塚以西ではこれに加えて高崎線直通の湘南新宿ラインが毎時2本運転される（うち1本が特別快速）。湘南新宿ラインは平塚駅・小田原駅、東京駅発着列車は小田原駅または熱海駅での折り返しが多い。一部伊東線への直通列車や、朝夕に限りJR東海の沼津駅・静岡駅への直通列車も存在する。かつては島田駅から運転される列車も存在していた。