2003年11月に、KEDO理事会は軽水炉の建設を2004年10月まで停止することを決めた。しかし、当事者である北朝鮮と核開発を懸念した5カ国（中国、米国、日本、ロシア、韓国）の間で、現在「北朝鮮の核開発に関しての査察」について協議している（6カ国協議）。

しかし2005年2月10日に北朝鮮政府は6カ国協議の中止と、核拡散防止条約 (NPT) からの脱退、さらに核兵器保有宣言を行った。北朝鮮一流の瀬戸際外交との見方も強いが、これによって北朝鮮核問題が新たな局面を迎えたとも言える。その後北朝鮮への五ヶ国による協議復活への説得が続けられ協議は再開したが、今のところ核開発計画を断念する気配は見せていない。日本は核開発放棄以外、北朝鮮との重要問題である日本人拉致問題も6カ国協議に加えているが、中・韓・朝・露は拉致問題を持ちこむことに対して後ろ向きの姿勢を見せている。しかし、日米は核問題と人権問題（日本人拉致問題含）で連携することを確認した。また米政府、デトラニ・6カ国協議担当特使は、拉致問題の解決が北朝鮮の国際テロ支援国家指定を解除する条件と述べた。第4回協議で採択した共同声明履行のため、日米は人権問題の作業部会の設置を検討している。

KEDOは2005年11月22日、ニューヨークで理事会を開き、軽水炉建設事業を廃止することで合意した。これを受け、北朝鮮は朝鮮中央通信を通じ同年12月20日、「ブッシュ政権はわが国に対する軽水炉提供を放棄した」と米国を非難、「わが国は5万キロワットと20万キロワットの黒鉛減速炉と関連施設により、独自の原子力工業を積極的に発展させる」とし、また、軽水炉についても「いずれ独自の開発で建設する」と発表して、年間に核兵器50発分のPuを生産できる大型黒鉛炉の建設再開と、軽水炉建設によって、自衛力強化を図る意向を表明した。米国務省スポークスマン、ジャスティン・ヒギンズ (Justin Higgins) は、核開発事業の廃止と核兵器開発の断念を要求している。