北朝鮮はこの処置に対し、IAEA査察チームを国外退去させた上、IAEAの監視カメラも全て目隠しした上で黒鉛減速炉での発電を再開させ、IAEAを脱退した。 これにより、IAEA理事会が北朝鮮の保障措置協定違反を認定し、国連安全保障理事会に報告。国連安全保障理事会、IAEAなどは核兵器の開発計画を放棄するよう求めたが聞き入れられず、2003年には北朝鮮政府は8000本あまりの使用済み核燃料の再処理を完了したと発表した。再処理を行う際には使用済み核燃料から廃棄物として、必ずプルトニウムを分離する必要があるため、プルトニウムの抽出疑惑を北朝鮮は事実上、公にした。